Il codice del file functions.php presenta le features di default di WordPress; per questo motivo è possibile utilizzare un file omonimo presente nella directory del proprio tema al fine di modificare i comportamenti predefiniti dell'applicazione. Sostanzialmente tale file agisce come un'estensione integrando nuove funzionalità in un'installazione, queste ultime potranno essere richiamate sia tramite puro PHP che attraverso funzioni di WordPress.

Tra il file functions.php e un comune plugin vi sono comunque delle differenze, il primo infatti non prevede un Header text univoco come accade per il secondo, viene applicato soltanto al tema corrente mentre le estensioni non dipendono da tale fattore e, infine, può presentare diversi blocchi di codice per lo svolgimento di vari compiti li dove invece i plugin sono generalmente specializzati e mirati a svolgere mansioni specifiche.

Andrebbe inoltre sottolineato che i plugin vengono solitamente memorizzati (una sola volta per ogni installazione del Blog engine) in una sotto-directory generata internamente al percorso wp-content/plugins, vi può essere invece un file functions.php diverso per ogni tema salvato nella relativa sotto-directory in wp-content/themes; chiaramente per il suo funzionamento un sito Web basato su WordPress terrà conto soltanto del functions.php del tema corrente e non di quelli inattivi.

Un child theme potrà avere un proprio file functions.php esattamente come un tema principale, nel caso specifico le sue funzionalità verranno utilizzate per incrementare o sostituire le features del parent theme; lo sviluppatore avrà la possibilità di definire funzioni riutilizzabili in vari template, stabilire la lunghezza dell'excerpt, abilitare caratteristiche non utilizzate e utilizzare filtri e azioni (Hooks).